Pemerintahan Desa Mapila dipimpin oleh Kepala Desa yang dibantu oleh perangkat desa dalam menjalankan roda pemerintahan, pelayanan kepada masyarakat, serta pelaksanaan pembangunan desa.
Adapun susunan struktur pemerintahan Desa Mapila adalah sebagai berikut:
- Kepala Desa
- Sekretaris Desa
Kepala Urusan (Kaur)
- Kaur Tata Usaha dan Umum
- Kaur Keuangan
- Kaur Perencanaan
Kepala Seksi (Kasi)
- Kasi Pemerintahan
- Kasi Kesejahteraan
- Kasi Pelayanan
Kepala Dusun
- Kepala Dusun I
- Kepala Dusun II
- Kepala Dusun III
Struktur pemerintahan desa ini memiliki peran dan fungsi masing-masing sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku, dalam rangka mendukung penyelenggaraan pemerintahan desa yang efektif, transparan, dan akuntabel.